Souillac est une des plus anciennes cités du Haut-Quercy.
Des outils caractéristiques de l’époque moustérienne nous prouvent que des hommes préhistoriques s’étaient installés sur les bords de la Borrèze.
Un premier monastère bénédictin y aurait été fondé vers 655 par Saint-Eloi qui fût le ministre du roi Dagobert 1er. Ce monastère d’abord dévasté par les Arabes en 732 aurait été restauré sous le règne de Charlemagne et de nouveau détruit par les Normands en 848. Mais aucun texte fiable ne confirme cette hypothèse.
En 909, une partie de Souillac est léguée par Saint Géraud, abbé d’Aurillac, aux moines aurillacois, puis la totalité en 930. Ces derniers élevèrent une cella dans ce site avantageux car situé au confluent de les Dordogne et de la Borrèze.
En 962, Géraud de Saint-Céré fut désigné pour s’occuper des biens de la cella qui bénéficiait de nouveaux legs.
Souillac se développa grâce au monastère qui permit aux victimes des attaques normandes du XIIe de s’y installer. Les alentours de la ville furent rapidement livrés à la culture des céréales et de la vigne.
A partir du XIe siècle, les bâtiments du monastère Sainte-Marie qui devenait de plus en plus important durent être agrandis.
Dès le début du XIIème siècle, Souillac était considérée comme une riche cité féodale. A l’abri des cinq portes fortifiées qui permettaient l’accès à la ville de nombreux artisans et marchands s’affairaient. Au bord de la Dordogne, les mariniers déchargeaient.
Les bourgeois qui occupaient des fonctions administratives de plus en plus importantes se heurtèrent à l’autorité du Doyen. Le parti de la commune prit le pouvoir en 1252 et fit fabriquer un sceau pour marquer son autorité.
Il y avait dorénavant deux importants pouvoirs à Souillac : la Commune et le Monastère. Ce dernier était soutenu par la majorité des Souillagais.
En 1351, les Anglais s’emparèrent de Souillac. Ils pouvaient ainsi fermer le passage de la Dordogne et dévaster les terres du vicomté de Turenne. Les Anglais ne furent définitivement chassés qu’après le traité de Brétigny.
Guy d’Orniac relança le repeuplement de Souillac dévastée par les nombreuses guerres et par l’épidémie de peste noire.
Souillac fut envahie et pillée en 1562 par des Protestants.
Au XVIème siècle, le monastère devint une Abbaye. Un établissement postal fut créé. La ville prêta serment de fidélité à Henry IV.
Dernière étape de la navigation montante sur la Dordogne, Souillac recevait de nombreux marchands.
Sous l’Ancien Régime, Souillac conserva son enceinte fortifiée. Les revenus agricoles étaient très importants. On trouvait toutes sortes de vignobles : pommiers, cerisiers, pruniers, poiriers, pêchers, abricotiers, amandiers. On cultivait également les plantes textiles, à partir de 1660, on plantait du tabac.
Chaque famille préparait seule son pain. A la forge, des ouvriers fabriquaient des chaudières et des marmites. On dénombrait 13 moulins sur la Borrèze.
Souillac était également un lieu d’étape situé sur la route de Paris à Toulouse.
Avec la révolution de 1789, Souillac devint chef-lieu de canton. Les moines bénédictins quittèrent la ville. L’Abbaye et ses possessions furent vendues. L’église du monastère devint paroissiale. Les premières élections municipales eurent lieu le 31 janvier 1790.
En 1804, un cimetière fut créé hors de la ville. Un pont permettant de traverser la Dordogne fut édifié, ce qui facilita le voyage Paris-Toulouse. Souillac abritait alors un Tribunal de Commerce, un pensionnat Secondaire, une Congrégation des Frères et Sœurs des Ecoles Chrétiennes et une gendarmerie.
Au début du XXème siècle, les vignes des coteaux furent détruites par le phylloxera.
Les ports de Souillac furent fermés à cause de la cessation d’activités durant le XXème siècle.